Taustaa - Background
Alustavasti lähintä yhteistä esi-isää (TMRCA) – Apparaisal of The Most Recent Common Ancestor (TMRCA)
Fylogeneettinen puu - The Phylogenetic Tree
Klassinen Fylogeneettinen puu - The Phylogenetic Tree by the Classical Method

Taustaa - Background

Ihmisten sukulaissuhteiden selvittämisessä Y-DNA avulla ollaan vielä alussa. En käsittele toistaiseksi mitokondrio-DNA:ta (mtDNA) äidiltä tyttärelle haploryhmiä. Ensimmäinen kaupallinen Y-DNA:n testausfirma FTDNA aloitti vuonna 2000 ja ala sekä periaatteet ovat kovassa kehityksessä ja vielä vakiintumattomia. Sinänsä DNA:ta on jo selvitelty jo vuosikymmeniä, mutta ihmisten sukulaissuhteiden selvittämisessä taaksepäin muutaman tuhannen vuoden verran ollaan vielä alussa. Oheisessa englanninkielisessä tekstissä näytetään jo 500 erilaista ohjelmistopakettia ja varsinkin suku- eli fylogeneettisten puiden rakentamiseen on tullut yli 300 ohjelmistopakettia. –Tämä jo osittaa, että ei ole vielä varmaa oikeaa suuntaa analyyseille.

Sukututkimuksen apuna käytettyjen DNA testien, kuten tällä sivulla STR (Short Tandem Repeat) ja SNP (Single-Nucleotide Polymorphism) eli "snipsien" menetelmiä. Analyysien taustoja selvitellään Big Y-DNA Borg suku sivulla.

Tässä yritetään seurata kehitystä eri tavoin ja rakentaa karttoja sekä puita eri periaattein esi-isien selvittämiseksi. Lue DNA-juttujen taustaa täältä, kun tästä eteenpäin käsitellään varsinaista asiaa.

The first commercial testing company FTDNA, which is now the biggest for human DNA and genealogical purposes, started the year 2000. Now the interest and business has grown exponentially during the last years. This is because the software and developed principles are available for the finding The Most Recent Common Ancestor (TMRCA) and genetic distance to the ancestors and older family relations.

There are alternatives to building phylograms. Geneticists build trees all the time. In the link page are listed abt. 400 phylogeny packages and 50 free web servers.

The presence of many alternatives indicate that there is not yet a wider accepted method, but maybe one of those would become later a standard. This branch of science is not easy to follow and to get into. In any case, we are here only trying to collect and show different methods and results to get our major and the final goal: finding The Most Recent Common Ancestor, roots, origin and older family relations.

Alustavasti lähintä yhteistä esi-isää (TMRCA) – Apparaisal of The Most Recent Common Ancestor (TMRCA)

Tein oman pikkuisen ohjelman ja periaatteen, jotta pystysin jotenkin hallitsemaan tuhansia nimiä ja Y-DNA tuloksia. Käytin oheiseen taulukon tekoon markkereiden mutaationopeuksia, jotta saisin vähän paremman tuloksen vain suoraa askelmäärän eroon verrattuna. Ohessa näytetty nimien ja tietueiden määrä on tarkoituksella pieni selventääkseen asiaa.

Evaluation and calculation of the Most Recent Common Ancestor (TMRCA) is a difficult task and has several pitfalls. Thus I developed a tiny principle only to manage with thousands of names and Y-DNA records. I used different mutation rate of markers and converted linearly to some rough time scale only to help to sketch the matter.

Aivan alustava päivitetty (16.2.2017) keskimääräinen aika yhteisestä esi-isästä Y-DNA 67 markkerilla. - In the very preliminary (16th February 2017) chart is shown the best fit ancestors and calculated and estimated time for common father. Suurennos löytyy tästä. Zoom here.

Aivan alustava keskimääräinen aika yhteisestä esi-isästä Y-DNA 67 markkerilla. Laskennassa keräsin omien tiedostojen avuksi aluksi seuraavilta tietokannoilta I1 useita tuhansia tietueita ja nimiä: Finland DNA, Herrick, I1, I1d (L22/S142), Scandinavian Y-DNA ja Viking & Germanic.

Laskennassa on käytetty kunkin markkerin keskimääräistä mutaatioaikaa ja saatu integraalitulos muutettu takaisin vuosiksi Excel taulukossa. Menetelmä ja tulokset kehittyvät ja tarkentuvat. Laskennassa oletetaan, että sukupolvi olisi 25 vuotta, kun se on varmaan 33 vuotta. Suodatin tulokset niin, että näytän vain alle 1000 vuotta sukulaissuhteessa olevat tietueetja niitä on n. 40 tietuetta.

Alussa on sotilaita ja kylän naapureitä (Esse), sitten Botnia ryhmäläisiä Satakunnasta ja Lounais-Suomesta Vesijärven ympäristöstä. Kuviossa aivan nuorin yhteinen esi-isä on laskennallisesti n. 400v päässä. Y-DNA:n läheisyys täytyy olla aivan tilastollista sattumaa tai mutaation palautumisen tuomaa vääristymää (back mutation).

The updated (16th February 2017) chart is shown the best fit ancestors and calculated and estimated time for the common father. In the calculations the mutation time of 67 markers is used in the Y-DNA. The sum integral result was converted back to years in Excel. It should be noted that it was assumed that one generation takes 25 years whereas in reality it is probably closer to being 33 years. I filtered the results to show only ancestors that are less than 1000 years old. The data was collected from the following databases: Finland DNA, Herrick, I1, I1d (L22/S142), Scandinavian Y-DNA and Viking & Germanic.

At first names are mainly soldiers and village neighbors (Esse), then I1 Bothnia group on western part of Finland and over 1000 year old ones generally from Finland and Scandinavia. All markers has their average mutation rates, but singe cases can vary a lot. Also possible back mutation can occur giving closer apparent relation as the situation is originally (as it would be in reality?). Finally I showed only TMRCA results under 1000 years. The order and number may vary later on, but this type of a smaller database file is easier to handle and understand the matter.

You find several Herrick names from USA and originally from Great Britain, background is found on the Herrick Family Association pages.

In the chart many ancestors are coming from the former river route discussed above. The problem with Finnish soldiers under the rule of Swedish kings (1200-1800) was the fact that they had very difficult family names for Swedish officers and got new easy to pronounce names in Swedish army. The soldiers could also have been recruited from Sweden, Norway, Denmark, Finland or paid mercenary from Germany, Scotland etc. After 10-20 year service they had a right to settle down and got farm area somewhere in Scandinavia.

Fylogeneettinen puu - The Phylogenetic Tree

Fylogeneettinen puu (1.1.2014) - Phylogenetic Tree (1.1.2014) Suurennos löytyy tästä. Zoom here.

Paljon kiitoksia Dr. Bill Howardille, joka teki Y-DNA fylogeneettisen puun samasta Y-DNA lähtödatasta, jota käytin ylläolevaan lähimmän yhteinen esi-isän (TMRCA) kuvion rakentamiseen. Hänen korrelaation perustuva lähestymistapa puun rakentamiseksi yhdistettynä aikaviipalematriisiin ja RCC aikaskaalaan on selitetty oheisissa papereissa^{1, 2}.

Many thanks to Dr. Bill Howard who derived the Dated Y-DNA Phylogenetic Tree from the same Y-DNA data used for my MRCA chart found earlier. His correlation approach for determining the tree, the associated time-slice matrix and the RCC time scale are explained in the following papers^{1, 2}.

¹William E. Howard III, The Use of Correlation Techniques for the Analysis of Pairs of Y-STR Haplotypes, Part 1: Rationale, Methodology and Genealogy Time Scale, Journal of Genetic Genealogy, 5(2):256-270, 2009.

²William E. Howard III, The Use of Correlation Techniques for the Analysis of Pairs of Y-STR Haplotypes, Part 2: Application to Surname and Haplotype Clusters, Journal of Genetic Genealogy, 5(2):271-288, 2009.

Klassinen Fylogeneettinen puu - The Phylogenetic Tree by the Classical Method

Ohessa aivan vaan vertailuksi fylogeneettinen puu klassisisia menetelmiä ja ohjelmistoja käyttäen. Datana oli lähes samat mutta päivitetyt Y-DNA fiedostot, kuin ylempänä. Ohjelmistoina käytin tuoretta PHYLIP pakettia, joita on tehty jo vuodesta 1980 lähtien. Lopullisen puun teossa käytettiin MEGA ohjelmistoa.

Attached is found a phylogenetic tree by using classical software package PHYLIP being available since 1980. For making final chart I used MEGA software program. Used Y-DNA data was close to the same as used above with some new record exceptions. The conversion of data on spreadsheet suitable for PHYLIP was used Dean McGee's Y-DNA Utility on-line page. The description of the whole used procedure is found on the www-page Instructions for creating TMRCA Phylogenetic charts from DNA information.

Aloitusmatriisi lähimmälle esi-isälle (8.1.2014) klassista menetelmää varten - Starting matrix TMRCA (Time to the Most Recent Common Ancestor) for the classical method. Suurennos löytyy tästä. Zoom here.

Oikean aloitusmatriisin teko on tärkeää. Ohessa on käytetty perusasetuksia ohjeen mukaan.

The finding procedure for very right starting TMRCA matrix is very important task to get right form for tree. Here is used the procedure that the above instruction suggested, and it was provided by Mr. Dave Hamm, Franklin, OH; USA.

The tree chart result of the classical method looks like some close fresh genetic steps is described rather well, but something strange is found in many deeper and older branches. The user has a lot of impact for the final results by selecting different settings to the programs. It is very understandable that many new software packages are still under development for better Y-DNA analyses.

Fylogeneettinen puu (8.1.2014) klassisella menetelmällä - Phylogenetic Tree (8th January 2014) by the Classical Method. Suurennos löytyy tästä. Zoom here.

Tämän laskennan tuloksia tarkisteltaessa ja niitä arvioitaessa systeemi kuvannee aivan lähipolvet oikeen, mutta välttämättä ei aikaisempia haaroja ja sukulaissuhteita. Käyttäjän tekemillä ohjelman asetuksilla voi vaikuttaa suurestikin lopputulokseen. On aivan ymmärrettävää, että viimevuosina on tullut useita eri softia Y-DNA puiden rakentamiseksi.

During evaluation the tree chart result of the classical method it looks like some close fresh genetic steps is described rather well, but something odd is found in the many deeper and older branches. The user has a lot of impact for the final results by selecting different settings to the programs. It is very understandable many new software packages are under development work for better Y-DNA analyses.